Sektor pertanian masih menjadi sektor ekonomi utama di Kabupaten Mahakam Ulu. Hal ini jelas terlihat dari kontribusi sektor pertanian, kehutanan, dan perikanan terhadap Produk Domestik Regional Bruto (PDRB) Atas Dasar Harga Berlaku yang mencapai 74,4% pada tahun 2019 (BPS, 2020). Oleh karena itu, perencanaan sektor pertanian yang matang akan mempunyai dampak positif yang besar bagi kesejahteraan masyarakat. Meskipun demikian, patut dicermati bahwa kontribusi tersebut terus menurun setiap tahun sepanjang periode 2015-2019. Dengan menempatkan sektor pertanian yang masih menjadi andalan penggerak pembangunan daerah Kabupaten Mahakam Ulu, maka dibutuhkan perencanaan yang komprehensif dalam mengembangkan sektor pertanian di masa yang akan datang.
Pengembangan pertanian bukan merupakan sesuatu yang dapat diselesaikan melalui program jangka pendek saja, namun dalam serangkaian program dan tahapan yang dicapai dalam sebuah pengembangan baik jangka menengah maupun jangka panjang. Sehingga dibutuhkan sebuah masterplan pengembangan pertanian yang menjadi rencana pengembangan jangka menengah yang sinergi dengan rencana pembangunan daerah. Masterplan pertanian dalam arti luas telah disusun di Kabupaten Mahakam Ulu pada tahun 2014 untuk periode lima tahun (2015-2019). Berakhirnya periode dari masterplan pertama tersebut memberikan momentum bagi pelaksanan penyusunan masterplan untuk periode berikutnya. Atas dasar pertimbangan-pertimbangan tersebut, maka pada tahun 2020 ini dilaksanakan kegiatan “Penyusunan Masterplan Pertanian Kabupaten Mahakam Ulu dalam Arti Luas”. Pertanian dalam arti luas yang dimaksudkan didalam judul kegiatan adalah perencanaan sektor pertanian yang tidak hanya mencakup tanaman pangan saja (khususnya padi) sebagai subsektornya, namun juga mencakup subsektor yang lain yaitu perkebunan, peternakan, perikanan, dan kehutanan.
Pengembangan pertanian di Kabupaten Mahakam Ulu berdasarkan atas komoditas-komoditas unggulan yang terpilih untuk dikembangkan melalui berbagai analisis dan persepsi masyarakat. Komoditas unggulan pada masterplan saat ini tidak jauh berbeda dengan komoditas unggulan yang dirumuskan pada masterplan sebelumnya yaitu antara lain meliputi: Padi Ladang, Padi Sawah, Ubi Kayu, Karet, Kakao, Kelapa Sawit, Perikanan, dan Peternakan. Berdasarkan kajian evaluasi dari masterplan sebelumnya dinyatakan bahwa tingkat keterlaksanaan subsektor perkebunan menjadi subsektor dengan tingkat keterlaksanaan program- program indikatif yang paling tinggi, yaitu sebesar 100% untuk komoditas kakao. Hal ini berarti bahwa seluruh program- program yang direncanakan telah dilaksanakan untuk komoditas kakao ini. Pada subsektor yang sama, komoditas karet hanya mencapai tingkat keterlaksanaan sebesar 77,78%. Tingkat keterlaksanaan berikutnya, secara berturut-turut dari yang paling tingggi ke yang paling rendah adalah subsektor peternakan (60%), subsektor pangan (36,36%), dan terakhir adalah subsektor perikanan (23,81%). Subsektor perikanan menjadi subsektor dengan tingkat keterlaksanaan yang paling rendah. Jika dilihat dari sisi kontinuitas penganggaran setiap tahunnya, dua subsektor yang tidak kontinu dianggarkan setiap tahun adalah subsektor perkebunan (karet) dan subsektor perikanan.
Berdasarkan kajian terhadap potensi dan permasalahan pertanian di Kabupaten Mahakam Ulu, maka rumusan isu strategis pengembangan pertanian di Kabupaten Mahakam Ulu antara lain adalah: 1) Kualitas SDM; 2) Pengembangan dan Peningkatan Infrastruktur; 3) Optimalisasi Pengembangan Sektor Pertanian; 4) Keterkaitan Wilayah dan Pengembangan Ibu Kota Negara; dan 5) Perlindungan terhadap Lingkungan dan Sumber Daya Alam. Kemudian guna menjawab isu strategis tersebut, maka visi pembangunan sektor pertanian dalam arti luas di Kabupaten Mahulu periode 2021-2025 adalah: “Terwujudnya petani yang lebih sejahtera melalui pengembangan sistem agribisnis komoditas pertanian utama”. Visi tersebut dijabarkan ke dalam tiga misi yang meliputi: 1. Mewujudkan peningkatan produksi dan produktivitas komoditas pertanian utama; 2. Mewujudkan pengembangan pasar komoditas pertanian utama yang kompetitif baik pada level domestik, regional, nasional, dan pasar ekspor; 3. Mewujudkan pengembangan infrastruktur pertanian.