Kajian Lingkungan Hidup Strategis (KLHS) adalah rangkaian analisis yang sistematis, menyeluruh, dan partisipatif untuk memastikan bahwa prinsip pembangunan berkelanjutan telah menjadi dasar dan terintegrasi dalam pembangunan suatu wilayah dan/atau Kebijakan, Rencana, dan/atau Program. Berdasarkan Undang–Undang Nomor 32 Tahun 2009 tentang Perlindungan dan Pengelolaan Lingkungan Hidup, pelaksanaan KLHS bersifat wajib salah satunya dalam penyusunan atau evaluasi Rencana Pembangunan Jangka Menengah (RPJM) baik pada tingkat nasional, provinsi, dan kabupaten/kota. Sesuai dengan peraturan perundang–undangan, penyusunan dan penetapan RPJMD harus dilengkapi dengan rekomendasi hasil KLHS yang memperhatikan DDDTLH.
Berdasarkan hasil kajian Daya Dukung Lingkungan Hidup (DDLH) yang dilakukan, diketahui bahwa untuk daya dukung pada aspek penyediaan bahan pangan, Kabupaten Kepulauan Anambas memiliki potensi lahan dengan daya dukung berkategori sedang-sangat tinggi seluas 13.173,36 hektar. Untuk daya dukung penyediaan air bersih masih didapati surplus pada tahun 2030 sebanyak 240.070,69 m3/tahun. Meski begitu, akan terjadi penurunan daya dukung penyedia air bersih dari waktu ke waktu, sementara kebutuhan juga terus meningkat. Untuk daya dukung ekosistem hutan, berdasarkan tren 2006-2019 menunjukkan bahwa terjadi deforestasi setiap tahun, dan diperkirakan luas hutan pada tahun 2025 seluas 28.731 hektar dan pada tahun 2030 menjadi 28.447 hektar. Oleh karenanya, untuk meningkatkan daya dukung ekosistem hutan, maka diperlukan pengembangan hutan melalui skema rehabilitasi dan agroforestry.
Dari 169 indikator Tujuan Pembangunan Berkelanjutan (TPB) sebagaimana yang diamanatkan dalam Peraturan Presiden Nomor 59 tahun 2017 tentang Pelaksanaan Pencapaian Tujuan Pembangunan Berkelanjutan, sebanyak 161 indikator merupakan indikator yang relevan untuk Kabupaten Kepulauan Anambas. Proyeksi yang dilakukan terhadap 161 indikator tersebut mendapati bahwa 56 indikator (34,8%) berstatus hijau (on the right track), sepuluh indikator (6,2%) berstatus kuning (perlu intervensi sedang), 24 indikator (14,9%) berstatus merah (perlu intervensi berat), dan 71 indikator (44,1%) berstatus tidak tersedia data (N/A).
Ke-161 indikator tersebut tersebar ke dalam empat pilar meliputi pilar sosial, ekonomi, lingkungan, dan pilar hukum dan tata kelola. Pilar dengan indikator terbanyak adalah pilar sosial yaitu sebanyak 80 indikator (49,4%). Dari ke empat pilar tersebut, pilar ekonomi menjadi pilar dengan pencapaian terbaik. Lebih dari separuh (55,3%) dari indikator pada pilar ekonomi memiliki status hijau. Di sisi lain, pilar dengan pencapaian terendah adalah pilar sosial yang meraih indikator berstatus hijau sebanyak 25%. Untuk peran para pihak dalam pencapaian TPB, secara eksisting terdapat dua kelompok stakeholders yang turut berpartisipasi dalam memberikan kontribusi terhadap pencapaian TPB tersebut yaitu kelompok Organisasi Non Pemerintah dan kelompok Dunia Usaha.
Hasil proyeksi yang dilakukan terhadap keseluruhan TPB dilakukan untuk mengelompokkan TPB ke dalam dua kelompok yaitu i) TPB yang dapat dicapai tanpa upaya tambahan, dan ii) TPB yang bisa dicapai dengan upaya tambahan. Indikator TPB yang berstatus tanpa upaya tambahan berjumlah 56 indikator. Untuk TPB yang memerlukan upaya tambahan dalam pencapaiannya, pada pilar sosial terdapat sebanyak 23 indikator, pada pilar ekonomi sebanyak empat indikator, pada pilar lingkungan sebanyak lima indikator, dan dua indikator pada pilar hukum dan tata kelola. Sebagai bagian dari upaya tambahan tersebut, masing-masing indikator perlu dirumuskan strategi-strategi untuk mendongkrak pencapaiannya. Diantara strategi-strategi yang telah dirumuskan ditampilkan pada tabel sebagai berikut.
Berdasarkan segala uraian di atas, ada beberapa rekomendasi yang dapat diintegrasikan ke dalam dokumen RPJMD Kabupaten Kepulauan Anambas 2021-2025. Salah satunya untuk rumusan isu strategis, ada 14 rumusan isu-isu strategis yang utama dan mendapatkan perhatian khusus dalam RPJM demi peningkatan capaian TPB, yaitu (1)Penanggulangan kemiskinan daerah, (2)Pemenuhan kebutuhan air bersih dan sanitasi layak, (3)Pemenuhan hak-hak anak, (4)Peningkatan ketahanan pangan daerah, (5)Peningkatan kualitas Pendidikan, (6)Penguatan UMKM, (7)Peningkatan aksesibilitas daerah, (8)Peningkatan kinerja sektor industri pengolahan, (9)Pemerataan pembangunan, (10)Peningkatan derajat kesehatan masyarakat, (11)Peningkatan proporsi RTH, (12)Penguatan kapasitas kelompok tani dan nelayan, (13)Peningkatan kualitas lingkungan hidup dan (14)Peningkatan tata kelola pemerintahan yang baik.